Archiv der Kategorie: Zotero

Hilfreiche Tips für Zotero: Markierten Text aus PDFs extrahieren mit Zotero und ZotFile

Ich kann nur immer wieder empfehlen, zusätzlich zu Zotero auch das Add-On Zotfile zu installieren, da es einige wirklich hilfreiche Funktionen enthält. Eine davon ist die automatische Erstellung von Notizen aus dem markierten Text in PDF-Dokumenten.

Voraussetzung ist natürlich, dass das Dokument auch durchsuchbaren Text enthält, also nicht nur aus eingescannten Grafiken besteht. Wenn man dann in dem PDF-Reader der Wahl Text in der Datei markiert,

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kann man im Zotero-Fenster nun den markierten Text einfach extrahieren lassen.

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Daraufhin wird eine neue Notiz an den Eintrag angehangen, die den extrahierten Text enthält.

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Allerdings funktioniert das noch nicht ganz verlässlich, da manche PDF-Viewer Markierungen nicht ganz standardkonform speichern. Am sichersten funktioniert es meiner Erfahrung nach mit dem Adobe Reader oder dem PDFXChange-Viewer.

Zotero 3.0 ist fertig

Auf dem Zotero-Blog wurde heute bekannt gegeben, dass die 3.0-Version von Zotero nun endlich fertig und stabil ist, und folgende Neuerungen bringt:

  • Eine Standalone-Version, die ohne Mozilla Firefox läuft
  • Eine elegante Möglichkeit, doppelte Einträge zu finden und zu einem einzigen zu verbinden
  • Eine neue Benutzeroberfläche für das Word- bzw. OpenOffice-Add-In
  • Neue Funktionen für Zotero-Gruppen und das Teilen von Dokumenten (dazu werde ich später mal noch etwas schreiben)

In nächster Zeit wollen die Entwickler diese und andere Neuerungen in Ihrem Blog ausführlicher vorstellen, es lohnt sich also, dort immer mal vorbei zu schauen. Bis dahin gibt es erstmal das Zotero 3.0-Paket für Firefox und Standalone, sowie den Connector für Google Chrome und Safari auf der Download-Seite.

Hilfreiche Tips für Zotero: Zotero in Firefox Anpinnen–oder nicht

Die aktuelle Stable-Version von Zotero (2.1) zeigt unter Firefox ein Verhalten, das unter Umständen etwas verwirrend sein könnte: Es wird als “App-Tab” angepinnt. Immer.

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Einerseits hat man dadurch immer schnellen Zugriff auf die Bibliothek, allerdings ist der angepinnte Tab in jedem Firefox-Fenster standardmäßig geöffnet. Wenn also eine Webseite (z.B. eine Webmail-Oberfläche) ein neues Fenster öffnet, sind darin immer mindestens zwei Tabs geöffnet. Dadurch lässt sich nicht das komplette Fenster durch JavaScript schließen (z.B. nach dem verschicken einer E-Mail), sondern es bleibt ohne die Tab-Leiste geöffnet und zeigt die Zotero-Bibliothek an.

In der 3.0-Beta wurde von den Entwicklern ein anderer Ansatz gewählt: Der Tab lässt sich nicht dauerhaft anpinnen, sondern verschwindet nach einem Neustart von Firefox. Dadurch muss man Zotero über die Schaltfläche an  der unteren Firefox-Statusleiste öffnen, in den Tab-Modus schalten und den Tab von Hand anpinnen, falls man den App-Tab nutzen will.

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Aktuell hat man also die Wahl zwischen zwei nicht ganz zufriedenstellenden Möglichkeiten, wobei es wahrscheinlich kein großes Problem sein sollte, Zotero bei Bedarf über die normale Zotero-Schaltfläche zu starten.

Hilfreiche Tips für Zotero: Schnelle Suche nach Dokumenten mit Qnotero

Falls man auf die Schnelle ein bestimmtes Paper sucht, ist es unter Umständen müßig, immer extra Firefox bzw. Zotero-Standalone zu starten. Denn dadurch muss man z.B. (bei Firefox) erst den obligatorischen Update-Vorgang durchklicken, um danach dann erst die Zotero-Suche starten zu können. Im Zotero-Forum findet sich der Link zu einem kleinen Programm, dass dieses Problem löst.

Es nennt sich Qnotero und ist hier zu finden. Nach dem ersten Start fragt das Tool nach dem Zotero-Datenverzeichnis, bzw. kann man automatisch danach suchen lassen. (Wie man das Datenverzeichnis findet, habe ich in meinem Artikel zum Backup einer Zotero-Datenbank genauer erläutert) Im Anschluss findet man ein Qnotero-Symbol im System-Tray, unter Windows 7 muss man allerdings erst die dauerhafte Anzeige des Symbols einschalten (kleines Dreieck klicken –> Anpassen…).

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Mit einem Klick auf das Symbol öffnet sich das Programmfenster

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in dem man nun nach Titeln, Autoren, Veröffentlichungsjahren usw. suchen kann.

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Mit einem Doppelklick auf das Suchergebnis kann man dann die angehängten Dateien öffnen.

Um den Vorgang weiter zu vereinfachen, könnte man nun noch ein Tastaturkürzel festlegen, mit dem man das Fenster schnell öffnen kann. Dies funktioniert mit Windows-Bordmitteln, nämlich in den Eigenschaften der Programmverknüpfung, die die Installation des Programms auf dem Desktop erstellt:

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Unter “Tastenkombination” kann man ganz nach Belieben ein Kürzel festlegen, mit dem das Suchfenster geöffnet wird. So kann man auch den zusätzlichen Klick auf das Qnotero-Symbol wegrationalisieren.

Hilfreiche Tips für Zotero: Zotero Standalone

Seit dem letzten Beta-Release bietet Zotero eine Standalone-Version an, die ohne Firefox läuft. So kann man die allermeisten Funktionen von Zotero auch nutzen, wenn man Google Chrome oder Apple Safari nutzt. Das hat ausserdem den Vorteil, dass man bei den in letzter Zeit sehr häufig auftretenden Kompatibilitätsproblemen mit dem schnellen Update-Zyklus des Mozilla-Browsers nicht immer auf eine aktualisierte Zotero-Version warten muss. Solange Zotero Standalone im Hintergrund läuft, schaltet sich die Firefox-Erweiterung automatisch in den Connector-Modus, in dem sie alle Befehle direkt an Standalone übergibt.

Zotero Standalone kann man auf der 3.0 Beta Downloadseite bekommen, und bei der Installation werden auch gleich die Word- und OpenOffice-Plugins mit installiert. Das Programmfenster sieht genau so aus, wie  der maximierte Zotero-Tab im Firefox.

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Alle wesentlichen Funktionen sind enthalten, sogar eine Add-On-Verwaltung ist integriert, in der man die meisten Add-Ons für Firefox-Zotero installieren kann (Standalone basiert auf XULRunner, der Basis aller Mozilla-Produkte).

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Wenn man z.B. ZotFile direkt von der Add-On Seite von Mozilla herunterlädt, kann man diese Erweiterung auch in Standalone einbinden.

Durch die Installation des Connectors finden sich die Zotero-Schaltflächen auch in Google Chrome:

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Auch ansonsten funktioniert Zotero Standalone genau wie die Erweiterung für Firefox, nur eben ohne Firefox.

Hilfreiche Tips für Zotero: Zotero und BibTeX einfacher benutzen

Auch für Benutzer des Textsatzsystems LaTeX ist Zotero ein hilfreicher Begleiter, allerdings sind hier einige kleinere Hürden zu überwinden.

Standardmäßig unterstützt Zotero den Export von Sammlungen in eine BibTeX-Datei, sowie den Drag-and-Drop-Export von BibTeX-Datensätzen in folgender Form:

@article{prandovszky_neurotropic_2011,
title = {The Neurotropic Parasite Toxoplasma Gondii Increases Dopamine Metabolism},
volume = {6},
issn = {1932-6203},
url = {http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0023866},
doi = {10.1371/journal.pone.0023866},
journal = {{PLoS} {ONE}},
author = {Prandovszky, Emese and Gaskell, Elizabeth and Martin, Heather and Dubey, J. P. and Webster, Joanne P. and {McConkey}, Glenn A.},
editor = {Ho, Paulo Lee},
month = sep,
year = {2011},
pages = {e23866}
}

Wenn der verwendete LaTeX-Editor (ich persönlich empfehle TeXnicCenter) allerdings keine eingebaute Möglichkeit zur effizienten Verwaltung von Zitaten hat, kann man auch direkt Zotero dafür verwenden. Allerdings braucht man hierfür einen neuen Export-Stil, der nur die BibTeX-Key exportiert. Im Zotero-Forum findet sich ein Thread zum  Thema, in dem auch (letzter Eintrag) eine ZIP-Datei mit den Translators zum Download angeboten wird (diese müssen in den Ordner translators im Zotero-Datenverzeichnis kopiert werden).

Wenn man im Einstellungsdialog dann BibTex (\cite) als Standardausgabeformat wählt,image

kann man per Drag-and-Drop die richtigen BibTeX-Referenzen einfügen:

\cite{prandovszky_neurotropic_2011}

Zuvor muss man allerdings die Literatur, die man verwenden will, in eine BibTeX-Datei exportiert und diese in das LaTeX-Dokument eingebunden haben. Eine vollständige Anleitung für LaTeX findet sich hier, und mit einer beherzten Google-Suche.

Hilfreiche Tips für Zotero: Dokumente in Bibliotheken finden durch OpenURL

Für den Fall, dass man zwar bibliographische Informationen eines Dokuments hat, aber nicht das Dokument selbst, kann man mit Hilfe von OpenURL die lokale Bibliothek von Zotero durchsuchen lassen.

Zuerst muss man dazu den richtigen OpenURL-Resolver in den Einstellungen festlegen:

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Man kann entweder nach Resolvern suchen lassen, oder sich den richtigen Resolver aus der Resolver-Liste deutscher Universitäten abschreiben. Wenn man nun das Zotero-Suchfeld nutzt, bzw. einen Datenbankeintrag markiert hat, kann man ein “Library-Lookup” durchführen, der das gesuchte Dokument im lokalen Bibliotheksbestand sucht.

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Die Ergebnisse werden dann auf einer (bibliotheksabhängigen) Übersichtsseite dargestellt:

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Hilfreiche Zotero-Tips: Angehängte PDF-Dateien umbenennen

Zotero bietet die Möglichkeit, Dateien aller Art an Datenbankeinträge anzuhängen. Dies kann manuell vorgenommen werden oder automatisch über den Import von Verlags- oder Bibliotheksseiten passieren. Allerdings ist der Name der Datei dabei oft recht kryptisch, etwa “science.pdf” bei Volltexten des ScienceDirect-Katalogs von Wiley, so dass man zur späteren Weitergabe von Papers sinnvollerweise die Dateien umbenennen sollte.

Es gibt dafür zwei Vorgehensweisen, eine in Zotero eingebaut, die andere durch ein Add-On. Im folgenden will ich beide Möglichkeiten kurz beschreiben:

Angenommen, man hat ein Paper über den Zotero Connector importiert, wird die angehängte PDF-Datei folgendermaßen benannt:

Zotero_2011-11-10_12-37-41

Direkt in Zotero eingebaut ist die Möglichkeit, die Datei mit den Daten des Eintrags umzubenennen:

Zotero_2011-11-10_12-38-48

Das Ergebnis sieht dann folgendermaßen aus:

Zotero_2011-11-10_12-40-40

Die andere Möglichkeit ist die Nutzung des Add-Ons ZotFile, das außerdem noch einige andere nützliche Funktionen, wie den automatischen Import von PDFs aus festgelegten Dateiordnern hinzufügt. Damit ist außerdem die automatisierte Umbenennung mehrerer PDFs möglich, und man muss nicht für jede einzelne Datei klicken.

Zotero_2011-11-10_12-40-12

Das Ergebnis sieht ähnlich aus:

Zotero_2011-11-10_12-41-02

Wenn man nun die PDFs exportiert, z.B. um sie an Kollegen weiter zu geben, sind diese schon ordentlich mit Autor, Titel, Jahr, Publikation und Ausgabe benannt.


P.S.: Das Paper ist eines über Veränderungen im Belohnungssystem des menschlichen Gehirns, die der Toxoplasmose-Parasit auslöst. Ein sehr interessantes Thema, wie ich finde, eine Zusammenfassung findet sich hier.

Neuere Features von Zotero nutzen mit den Beta-Versionen

In meinem letzten Artikel zum Thema habe ich kurz umrissen, wie man die Zotero-Datenbank sichert, um ruhigen Gewissens die Vorab-Versionen benutzen zu können.

Die aktuelle Beta von Zotero 3.0 bringt unter anderem folgende Neuerungen mit:

  • Eine Standalone-Version, die ohne einen installierten Firefox läuft
  • Erweiterungen für Google Chrome und Apple Safari, um Literatur auch in
  • diesen Browsern sammeln zu können
  • Automatische Erkennung von doppelten Einträgen in der Datenbank
  • Einen überarbeiteten Zitations-Dialog in den Textverarbeitungs-Plugins

Da ich selber lieber Google Chrome nutze als Firefox, ist natürlich die Möglichkeit eines eigenständigen Zotero-Programms sehr hilfreich, allerdings ist unbedingt daran zu denken, dass der Zotero-Connector für Chrome dann mit installiert werden sollte, der auch nicht mit der eingebauten Chrome-Synchronisation rechnerübergreifend aktuell gehalten wird.

Eine andere, allerdings potentiell instabilere, Vorab-Version von Zotero ist Multilingual Zotero, in dem die Eintragsdaten in der Datenbank um einige Datenfelder erweitert werden, um Zitationen in verschiedenen Sprachen und Schriften (kyrillisch, arabisch, etc.) zu ermöglichen. Diese gibt es allerdings noch nicht als Standalone-Version, und manchmal kommen die Entwickler nicht schnell genug mit den Update-Zyklen von Firefox mit, so dass ab und an die komplette Erweiterung vorübergehend deaktiviert wird. Allerdings sind einige interessante Funktionen nur mit der Multilingual-Version zu haben, so dass man unter Umständen in diesen sauren Apfel beißen muss.

Nach und nach sollen die Funktionen der Entwickler-Versionen in die Hauptversion mit einfließen, diese wird etwa jedes Vierteljahr erneuert.

Backup der Zotero-Datenbank: Sicher ist sicher!

Da Zotero sehr aktiv weiterentwickelt wird, enthalten die Beta-Versionen oft neue Funktionen, die für den Einen oder Anderen nützlich sein könnten. Wie es bei Vorabversionen allerdings üblich ist, könnten unter umständen Fehler enthalten sein, die die Datenbank beschädigen können, ein Backup ist also auf jeden Fall anzuraten (allgemein gilt das natürlich für alle Daten, die irgendwie wichtig sind).

Da die Zotero-Datenbank komplett in einem eigenen Verzeichnis liegt, muss man also nur dieses eine Verzeichnis komplett sichern. Das Datenverzeichnis ist in den Zotero-Einstellungen unter

Erweitert –> Datenverzeichnis anzeigen

zu finden. Dort kann man auch ein Verzeichnis selbst angeben, das man dann z.B. über Dropbox sichern und synchronisieren kann.

Zum Sichern des Datenverzeichnisses kann man es nun entweder einfach kopieren (bzw. mit einem anderen Ordner synchronisieren, etwa mit Microsofts SyncToy), oder man kann ein automatisiertes Backupprogramm nutzen. Ich persönlich empfehle Duplicati, da es kostenlos ist und sich sehr gut im Hintergrund hält, sowie die Sicherung auf Netzwerkserver mit FTP, SSH, WebDAV und anderen Protokollen unterstützt. Außerdem werden die Backups auf Wunsch verschlüsselt und komprimiert, eine Speicherung auf Online-Festplatten wie STRATO HiDrive, 1&1 SmartDrive u.ä. ist also ausspähsicher möglich. Verschiedene Anleitungen für die Einrichtung eines Backups für lokale und verschiedene Online-Medien sind hier zu finden.

Wenn die Datenbank in Sicherheit gebracht wurde, kann man ganz  beruhigt auch die Beta-Versionen nutzen, ohne Angst vor Datenverlust haben zu müssen.